El avance desde la primera secuenciación de la bacteria Helicobacter Pylori hasta la del Genoma Humano, pasando por la de la bacteria Escheriquia Coli, el de la planta Arabidopsis Thaliana y el del ratón común "sólo tiene un paralelismo posible" afirma el doctor Valencia, "el del descubrimiento de los planetas del sistema solar". Pero la cantidad de nueva información encontrada ha generado un nuevo problema: los datos crecen de forma exponencial y superan la capacidad de cálculo disponible, a la vez que hacen faltan expertos con los suficientes conocimientos de informática y biología para manejarlos.

Este fue el tema de la conferencia que este especialista realizó en Barcelona, aprovechando el marco de la exposición 'Gente y Genes' en la Residencia de Investigadores del CSIC.

Actualmente, multitud de equipos de expertos de todo el mundo trabajan en las diferentes áreas del proceso. Estas fases son la secuenciación, la determinación de las estructuras de las proteínas, la comparación entre estructuras proteínicas, la determinación de la función de estas proteínas y la comparación de proteínas para poder determinar similitudes e interacciones.

"Las proteínas son ínfimos y fascinantes mecanismos, que cumplen su función de forma atómicamente precisa" afirma el doctor Alfonso Valencia, pero la alteración de estas funciones puede dañar nuestro organismo y provocar una enfermedad.

Secuenciación, estructura y función son los "tres planos interconectados, sabemos que están relacionados pero no conocemos su interrelación" explica Valencia. Por ello, continúa, "no nos interesa tanto la función de las proteínas individualmente sino su interacción, es un puzzle que tenemos que ensamblar". Al final, este experto cree que se conseguirá saber "la función del 50 por ciento de estas proteínas y las interacciones del 100 por ciento". Por ello, en opinión del doctor Valencia, es necesario "un cambio conceptual en la forma de pensar del investigador, que tendrá que aplicar un concepto probabilístico para extrapolar interacciones entre sistemas".

El gran desafío, según el doctor Valencia, es "manipular esa gran cantidad de información" con los medios técnicos y humanos de los que se dispone hoy.

Actualmente existen 60 bases de datos en todo el mundo interconectadas para que los diferentes equipos de investigación puedan publicar, comparar y compartir sus descubrimientos y los datos encontrados. Para mantenerlas al día se utiliza tres tipos de software: programas de actualización, de comparación y sistemas de razonamiento. Por ejemplo, explica el doctor Valencia, en Pubmed, acceso On Line al fondo de la Librería Nacional de Washington, pueden ser consultados a través de Internet más de doce millones de artículos sobre biología molecular.

Este software es necesario para coger proteínas, compararlas y buscar similitudes e interacciones, con el problema añadido de que "hay bases de datos más fiables que otras", según este investigador del CNB-CSIC. Aunque los principales problemas son la mejora de las estructuras informáticas y el desarrollo de expertos que dominen la bioinformática.

De hecho, la carrera hacia la consecución de la farmacogenómica está siendo impulsada desde las multinacionales farmacéuticas e informáticas. Por ejemplo, IBM ha desarrollado a Jim Blue, sucesor del célebre Deep Blue, para el manejo de información genética; Sun Microsystems ha puesto en marcha un centro mundial de análisis del genoma y Compaq y Celera Genomics son los principales inversores en el estudio de las interacciones entre las proteínas. Ahora, explica el doctor Valencia, "falta que expertos en el campo de la biología y la informática se dejen seducir entre sí" para generar un mayor número de profesionales en bioinformática.

El objetivo final, concluye el doctor Valencia es desarrollar una farmacogenómica basada en el conocimiento. "Hoy la fabricación de fármacos se basa en ensayos no en conocimiento: se desarrollan fármacos investigando su acción molecular", pero en el futuro los fármacos estarán "basados en conocimiento y en la función de las estructuras proteínicas, lo que podría mejorar los resultados y el coste hasta unos niveles imprevisibles", afirma.